新しいブログはhttps://www.bicycle1885.org/です。 こちらは今後更新しない予定です。 よかったら最初の記事をご覧ください。 www.bicycle1885.org
1年以上ぶりのブログ更新ですね。 atsuoishimotoさんのブログ記事で，私のブログ記事が言及されていました。 atsuoishimoto.hatenablog.com 書いてある内容はまさにその通りで，for文を回すこと自体が取り立てて遅いわけではなく，その中で何らかの処理をす…
先月ですが、EzXML.jlというXMLやHTMLを扱うためのパッケージをリリースしました。 EzXML.jlはlibxml2というC言語で書かれたメジャーなライブラリのラッパーなのですが、それをJuliaでラップする過程で色々と工夫がありましたので、その辺を共有したいと思い…
R Adevnt Calendar 8日目の記事です。大幅に遅れて大変申し訳ないです。 この記事ではR言語ユーザーのために100問100答形式でJuliaを紹介していこうと思います。 Julia言語 Juliaってどういう言語なの? Juliaは高レベルでハイパフォーマンスな技術計算のため…
これはJuliaアドベントカレンダー1日目の記事です。2016年におけるJuliaの「現状」を確認していこうと思います。 Julia言語とは Juliaとは一体どのような言語でしょうか。julialang.orgの最初の説明を用いると、「他の技術計算環境のユーザに馴染みのある構…
9月20日にJulia言語の最新版である0.5がリリースされました。Juliaのメーリングリストに投稿されたアナウンスメントはこちらです: https://groups.google.com/d/msg/julia-users/J2DiH1GnM8o/aO2Ku8o-CgAJ きっと近いうちに本家のブログで詳しい変更点の紹介…
先日のWACODE夏期講習でRCall.jlのデモをしたら、やはりウケが良かったようなので改めて紹介をします。 RCall.jlはJuliaからR言語の機能を呼び出すツールです。データの受け渡しからREPLでのインタラクティブな実行・プロットも簡単にできます。Juliaを使っ…
先日、出版社の方から新刊の『R言語徹底解説』(共立出版)をいただきました。ありがとうございます。 R言語徹底解説 / Hadley Wickham 著 石田 基広 市川 太祐 高柳 慎一 福島 真太朗 訳 | 共立出版 この本は、R言語界では知らない人のいないHadley Wickham氏…
Julia Advent Calendar 9日目の記事です。なんとか途切れさせないでいきましょう。 Juliaと言えばユニットテストが書きやすい言語として有名です[要出典]。 何故書きやすいのかといえば、もちろんマクロがあるからです。 マクロのおかげで、よく分からないア…
Julia Advent Calendar 7日目の記事です。今週ひとりアドベントカレンダーの様相を呈してきているので誰か助けてください。 JuliaのBaseモジュールの関数はたくさんあるため、意外と知られていない関数もあると思います。 ですので、個人的によく使うなぁと…
Julia Advent Calendar 6日目の記事です。 昨日のJapan.R 2015のLTでJuliaの布教をしてきました。 5分で55枚のスライドをやり切り、時間ピッタリで無事終えました。 Juliaの速さを早口で表現 #japanR— さわみる (@sourmilk) 2015, 12月 5 だそうです。 当日…
Julia Advent Calendar 2日目の記事です。 JoneswareというのはJulia界の重要人物のひとりであるdcjonesさんの作ったパッケージをさしています。 実は私のJulia Summer of Codeプロジェクトのメンターになってくれた方で、今年のJuliaConでお会いしたことも…
待ちに待ったJuliaの新バージョンv0.4がリリース直前です！ 現在はRC1RC2が利用可能ですので、新しいもの好きの方はダウンロードして試すことができます。 Releases · JuliaLang/julia · GitHub v0.4はかなり長い間開発されてきましたので、新機能が盛りだく…
先ほど何となくstackoverflowのJuliaに関する投稿を見ていたら、なるほど確かに最初は分からないかもしれないなと思う疑問と、それに対する分かりやすいKarpinski氏の回答があったので紹介しようと思います。 What is a "symbol" in Julia?stackoverflow.com…
リブセンスのエンジニアの方にJuliaの話をしてほしいとの話を受けまして、LTですがJuliaのお話をしてきました。 このようなエンジニア中心の勉強会を毎月行っているようです。 LT大会「TechNight」、7/27(月) 19:30〜開催します。 | LIVESENSE made* せっか…
著者の福島さんより、「データ分析プロセス」(共立出版)の御恵投いただきました。ありがとうございます。 この本はシリーズ Useful Rのうちの一冊のようです。よく見ると私のラボのOBである門田先生もトランスクリプトーム解析の本をこのシリーズで書かれて…
Julia Summer of Codeという誰も知らないプログラムに採択されました。 この手のプログラムに採用されたのは初めてなので、嬉しくてあちこちで言いふらしています(ウザくてごめんなさい)。 概要としては、最近話題(?)のJuliaというプログラミング言語で夏の…
昨日(4月25日)JuliaTokyo #3を開催しました。 イベントページはこちらです。 JuliaTokyo #3 (2015/04/25 14:00〜)juliatokyo.connpass.com 当日の発表資料などはこちらにあります。 JuliaTokyo #3 - 資料一覧 - connpassjuliatokyo.connpass.com 今回私はLT…
タイトルはいささか誇張です。最後のセクションが一番言いたいことなので、そこまで読んでいただけたら嬉しいです。 きっかけは昨日こんなツイートをしたら割りとRTとFavがあったので、分かっている人には当たり前なのですが、解説を書いたらいいかなと思っ…
Optim.jlというJuliaの関数最適化パッケージの出力が気になったのでプルリクエストを投げたら、ちょっと議論になり色々Nelder-Meadアルゴリズムを調べる事になってしまい、その副作用で少し詳しくなったのでJuliaで実装を書いてみました。Optim.jlの実装より…
こちらのスライドのパフォーマンスが気になったので、ちょっと速くしてみました。 Juliaのススメ from Ai Makabi Juliaのススメ 気になったのはコレです。 おかしいっ、我らがJuliaがPython + NumPyに負けるわけないっ。 早速いじってみましょう。 元コード…
この記事はJulia Advent Calendar 2014の12日目の記事だったはずのものです(遅れてすいません...)。 Pythonユーザーとしての自分に対して100問100答形式で気になるだろうことを列挙したものになっています。 全体は以下の様なセクションに分かれています。 J…
Julia Advent Calendar 2014 4日目の記事です。 以前、工学部の友人から「変数mとuの積をmuと書いたと思ったら、パラメータμをmuと書いてたりするFortranのコードがあって混乱する」という話を聞きました。 最近の言語はUnicodeを使える物も多いですが(Unico…
2016/11/20 追記: この記事は内容が一部古くなっています。最新版はこちらを参照して下さい Julia Advent Calendar 2014 1日目の記事です。 まだまだJuliaは一般に知られていない言語ということもありまして、Juliaの基本的な機能を最短で学ぶ記事を初日に書…
Bioconductor - TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneは便利なのですが、ある遺伝子に対応するtranscriptが多すぎてどうしたものかと困ってました。 で、UCSCのゲノムブラウザで見るとConsensus CDS(CCDS)のアノテーションもあるのですが、このBioconductorの…
RStudioではRの実行結果を埋め込んでドキュメントやレポートを作成するのにLaTeXベースのものとMarkdown(の亜種のR Markdown)ベースのものが選べるのですが、R Markdownから日本語を含んだレポートをPDF化するのに手間取ったのでその方法を記述します。 私の…
9月27日の JuliaTokyo #2 で『Juliaで学ぶ Hamiltonian Monte Carlo (NUTS 入り)』と題してHamiltonian Monte Carlo (HMC) とStanで使われているNUTSについてお話してきました。 JuliaTokyo #2 (2014/09/27 14:00〜) JuliaTokyo #2 - connpass 内容 Juliaで…
最近のコンピュータは複数のCPUコアを持っているので並列にコマンドを実行することができます。 たくさんの同じようなファイルに同じ処理を実行することは、私のやっているバイオインフォマティクスではよくあります。 しかし自分で並列に実行するスクリプト…
ちょっとHaskellのstatisticsパッケージを見ていたら、統計的仮説検定に何故かt検定が無かったのでチョイチョイと実装しました。 https://github.com/bos/statistics/pull/66 masterの一歩手前のconfidenceブランチに取り込まれましたので、そのうち使えるよ…
日本で(多分)最初のJuliaの勉強会 JuliaTokyo #1 を開催しました。イベントページはこちらです。 http://juliatokyo.connpass.com/event/6891/ 当日は40人ほどの参加者が集まり、いつの間にJuliaがそんなに一般化したんだという感じでしたが、Julia歴1週間と…
